叶绿素仪和叶绿素荧光仪无论在研究目的、测量方法、使用方法和使用对象上有很大的区别。
就研究目的而言，当人们选择荧光仪时多是以研究光合作用的机理问题如，电子传递的过程和效率，光合反应中心II（PSII）和反应中心I（PSI）的功能，环境变化（干旱，盐碱，金属污染）对电子传递的影响等为目的。而叶绿素仪则主要用于判断植物生长过程中的营养状况（特别是氮素水平），为作物施肥提供生产上的参考。概括讲，叶绿素荧光仪用于理论研究，而叶绿素仪用于应用研究。
在测量方法上，荧光仪是利用叶绿素*的荧光现象，采用*灵敏度和反应速度的传感器，辅以光电脉冲设计来捕获电子传递过程中的各时段上的荧光数据。荧光测量是一个过程测量。而叶绿素仪是利用叶绿素对红光的特殊吸收特性，利用光电传感器对红光吸收量多少的测定。叶绿素仪的测量是在某一时，某一点上的瞬时测量。
从使用方法上讲，荧光仪的使用需要对叶片进行较长时间的暗处理，而叶绿素仪则需要化时间去做不同样品的订正曲线。
